植物NF-Y转录因子家族的生物信息学分析开题报告

 2023-02-18 14:19:31

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

1. 课题意义:

NF-Y(Nuclear factor-Y, 核因子Y)是真核生物中普遍存在的一类重要的转录因子,通常由NF-YA, NF-YB和NF-YC三种亚基组成,这三种亚基通过形成异源三聚体与启动子序列中的CCAAT框结合,进而激活或抑制下游基因的表达[1]。在植物中,NF-Y参与着胚胎发育、逆境胁迫响应、ABA信号转导、开花调控以及植物-微生物互作等诸多重要的生理和发育过程。NF-Y转录因子由于其三种蛋白亚基随着进化的不断扩张,已经成为植物中家族成员最多的特异性转录因子之一,同样也因为如此,相较于在其他生物中NF-Y在植物中参与着更加广泛的调控系统,即对植物的生长发育过程起着更为多样化的调节作用[2]

本课题通过生物信息学的分析方法,对单子叶植物和双子叶植物的代表物种水稻和拟南芥中NF-Y转录因子家族进行系统的分析,构建二者NF-Y基因家族进化树,研究NFY转录因子在植物中的生物学进化关系,从而在整体全面的角度探查其潜在的可利用价值,为实践应用生产提供新的思路和理论依据。

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2. 研究的基本内容和问题

1. 研究目标

运用生物信息学的方法在全基因组水平鉴定拟南芥及水稻NF-Y转录因子家族成员,完善NF-Y转录因子家族信息,并绘制该转录因子家族的进化树,分析其在单子叶植物和双子叶植物中的进化关系,以期对NF-Y家族的生物学功能、作用机制及其调控网络进行深入探索,为实践生产应用提供理论依据。

2. 研究内容

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3. 研究的方法与方案

1. 研究方法

(1)全基因组序列比对筛选目标基因;

(2)运用隐马尔科夫模型全基因组搜索候选基因;

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4. 研究创新点

(1)NF-Y转录因子是近年新兴的研究热点,它在转录中起到“先锋”作用,可影响植物胚胎发育、光合作用、开花时间调控、逆境胁迫响应等诸多方面,关于其家族基因系统分析、进化关系等方面的研究尚不完全。本课题运用生物信息学手段,对NF-Y转录因子家族进行分析,是充分挖掘和分析生物学大数据、在全基因组水平和进化水平对NF-Y家族在拟南芥和水稻中的生物学功能进行研究的基础,将来不仅在基础研究层面有很大的探索空间,也能为生产实践提供一定的理论依据。

(2)实验数据选用双子叶模式植物拟南芥和单子叶模式作物水稻,具有广泛的遗传学和组学研究基础,有利于实验结果的普遍性推断并且更具有普遍应用价值。

5. 研究计划与进展

2018年7月-8月,搜集相关文献资料了解研究方向,回顾专业相关知识,与导师交流,拟定论文题目;

2018年9月-10月,学习python编程语言,Linux系统的基本操作,掌握基本的生物信息学数据分析方法;

2018年11月,查找阅读相关文献资料,完成毕业论文的文献综述;

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