泰山叶刺瘿螨线粒体基因组研究开题报告

 2023-02-13 01:50:41

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

线粒体是真核生物细胞中由双层高度特化的单位膜围成的细胞器,其主要功能合成ATP为细胞活动提供能量。线粒体的一个显著特点是具有自身的DNA 和遗传体系。具有分子量相对较小、呈母系遗传、突变率高及在细胞中拷贝多等特点,被广泛用于种群遗传学、谱系地理学、分子进化、种系发生和比较及进化基因组学等多方面的研究,有助于加深人们对物种进化现象、过程及机制的理解。

瘿螨总科Eriophyoidea属于蛛形纲Arachnida、蜱螨亚纲Acari、真螨总科Acariformes、前气门目Prostimnata、四足螨股Tetrapodilina。瘿螨是农林业螨类中体型最小的类群,一般体长为160-280微米,宽40-80微米,多为纺锤型和蠕虫型,少数为锥形或楔形。瘿螨通过刺吸为害寄主植物,由于个体微小,发生量很小时对寄主植物不会造成太大危害,但当种群数量很大时,会影响寄主植物的光合作用,影响作物品质;同时部分种类也是多种植物病原病毒的传播媒介。

国内外对于瘿螨线粒体基因组的研究主要从近年来开始的,对于瘿螨线粒体基因组研究大多集中于通过比较线粒体基因片段来进行瘿螨的系统发育规律的研究。而线粒体全基因组不仅比单个线粒体基因包含更多的序列信息,而且具有一系列基因组水平的特征,如基因排序、RNA 基因的二级结构以及复制和转录的控制模式等。目前国内已有对蜱螨亚纲线粒体基因组的研究,目前已有28种蜱螨完成了全线粒体基因组测序工作,但瘿螨总科的线粒体基因组测定仍是一片空白。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标: 寻找适合瘿螨的线粒体基因组测序方式,测定泰山叶刺瘿螨Phyllocoptes taishanensis Xue Hong 2005全线粒体基因组序列.

研究内容: (1)从雪松上采集泰山叶刺瘿螨并进行形态学的鉴定.(2)提取泰山叶刺瘿螨的DNA.(3)设计线粒体引物并进行序列测定拼接补全.

拟解决的关键问题:(1)提取纯度较高的瘿螨DNA.(2)进行基因片段引物设计.(3)在明确大部分序列后补全段片段.

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3. 研究的方法与方案

研究方法:(1)泰山叶刺瘿螨的采集和鉴定: 采集带虫雪松并进行鉴定,得到泰山叶刺瘿螨虫体的酒精浸泡液. (2)泰山叶刺瘿螨DNA的提取:采用TAKARA试剂盒提取.将其中37℃孵化时间延长至3天. (3)线粒体DNA测序:通过查阅文献设计引物,采用PCR扩增获得短片段,通过凝胶电泳获取适合的DNA片段,送至公司测序,分析选取短片段记过,进行反向扩增长片段,送至公司测序,分析得到的基因序列,设计引物补全线粒体基因组.

技术路线:(1)对泰山叶刺瘿螨进行采集和传统形态学鉴定.(2)泰山叶刺瘿螨的总DNA提取.(3)线粒体DNA片段引物设计和测序分析,补全短片段.

可行性分析:目前其他昆虫与螨类已经有全线粒体基因组测序的发表,技术已经相对成熟,本课题通过参考小型昆虫的研究方案并进行相应改进达成研究目的.

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4. 研究创新点

国内外对于瘿螨线粒体基因组研究大多集中于通过比较线粒体基因片段来进行瘿螨的系统发育规律的研究。目前国内已有对蜱螨亚纲线粒体基因组的研究,目前已有28种蜱螨完成了全线粒体基因组测序工作,但瘿螨总科的线粒体基因组测定仍是一片空白。

通过本课题的研究,可以为今后的瘿螨全线粒体基因组测序起到奠基作用,并为今后研究瘿螨的线粒体功能基因组学、种群遗传学和分子系统发育学的研究提供理论支持。

5. 研究计划与进展

2013年8月-2013年9月

在中山陵采集泰山叶刺瘿螨的样本并进行鉴定与提纯.进行前期的文献查询与研究

2013年9月-2013年10月

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